Крупник е разположено на 7 km югозападно от град Симитли, в североизточните склонове на Крупнишкия рид, от западната страна по поречието на река Струма, преди тя да навлезе в Креснеския пролом. Надморската височина на селото е 750 m. Северозападно от селото, в местността Свети Георги е открита късноантична гробница от IV век, която принадлежи към рядко срещан архитектурен тип. В източната част на Крупник е открито късноантично селище и средновековен некропол, обявени за паметник на културата в 1973 година. Югозападно от Крупник, в местността градището са останките на късноантична и средновековна крепост, която също е обявена за паметник на културата.
През XV век Крупник, вероятно поради своето икономическо издигане е станал център на епархия. Епархията е съществувала и през XVI век. Границите ѝ не са установени точно, но тя е обхващала несъмнено околността на Крупник, която ще да е съвпадала с днешното Благоевградско. Изглежда, тя е включвала и Дупнишко и Рилския манастир. Катедралната епископска църква „Света Троица“, чиито останки са разкрити в югоизточната част на селото, е превърната в джамия, която по-късно е разрушена. От 1965 година църквата е паметник на културата. В края на XV век Владислав Граматик дава писмени сведения за Крупник. Крупнишката епархия е известното Крупнишко евангелие - среднобългарски писмен паметник от началото на XVI век, дарен в 1577 година от митрополит Йоасаф Крупнишки на Рилския манастир, където се съхранява. По време на Балканската война, на 12 - 13 октомври (нов стил 25- 26 октомври) 1912 г., край Крупник се състои бой между настъпващата Трета ригада на Седма пехотна рилска дивизия и османски войски, при който османците са разбити и Крупник е овладян от българските войски. Помашкото население на Крупник се изселва заедно с отстъпващите турски войски .В 1935 година е завършена и осветена църквата „Свети Архангел Михаил“ в центъра на селото и селският събор е на Архангеловден. Освен „Свети Архангел Михаил“, край старата епископска катедрала в 1994 - 1995 година е изграден параклис, също посветен на Светата Троица. Параклиси има и в най-високата част на крепостта Градище - „Свети Иван Рилски“, и в подножието на крепостта - „Свети Илия“. Селото има два оброка - „Свети Георги“ – при късноантичната Крупнишка гробница и „Свети Димитър“ – при руините на античното селище.