Името „аладжа“ (от турски: alaca) е от персийски или арабски произход и означава „пъстър, шарен“.
Откритият през 1997 г. вид „Nelima aladjensis“ от клас Паякообразни (Arachnida), разред Сенокосци (Opiliones), семейство Phalangiidae е наречен на името на манастира.
В близост до средновековния манастир са открити останки от трикорабна църква от V-VI век.
Манастирът е създаден XII – XIII век, но е изоставен в края на XV и началото на XVI век.
За пръв път името на манастира е споменато в книгата „Писма от България“ (1832 г.) на руския писател Виктор Тепляков.
Първите системни проучвания са проведени в края на XIX век от братята Херман и Карел Шкорпил.
През 1912 г. е обявен за „народна старина“, а през 1957 г. – за „паметник на културата от национално значение“.
От 1966 г. до 1989 година е в списъка на 100-те национални туристически обекти.